Durant els treballs, van sortir a la llum restes de pintures murals ocultes sota l'emblanquinat de calç de la paret, que s'han convertit "en les millor pintures de l'època a la demarcació". Les pintures plasmen dos lleons enfrontats o la representació de la traïció de Judes. Segons els estudiosos, daten de la segona meitat del segle XII.
Els primers treballs a l'església del monestir de Sant Miquel de Cruïlles van començar amb les cales pictòriques que van fer sortir a la llum pintures murals. Les anàlisis dels restauradors van concloure que durant l'Edat Mitjana tota l'església estava pintada, una mostra de l'excepcionalitat del monestir perquè no és habitual en temples de l'època.
La majoria de les pintures s'han perdut al llarg del temps, però s'han conservat algunes restes com una representació de la traïció de Judes o una altra escena on es poden veure dos lleons enfrontats. Els murals es troben a l'absis central i al transsepte nord del monestir. La majoria d'estudiosos creuen que van ser realitzades la segona meitat del segle XII.
La comissió dóna per acabada la restauració del mural, després que un informe del Centre de Restauració de Béns Mobles de Catalunya la validés.
Ara, cal abordar la darrera intervenció del projecte, inicialment prevista per al 2012, que permetrà enllestir la rehabilitació del conjunt romànic. El director dels serveis territorials de Cultura a les comarques gironines, Antoni Baulida, ha explicat que el projecte té com a eix la conservació, però també la museïtzació del patrimoni artístic i arquitectònic. Aquesta és la última actuació emmarcada en el projecte Romànic Obert per a la conservació del patrimoni arquitectònic català.
Entre els nous treballs hi ha millorar les escales d'accés al campanar, solucionar els problemes d'infiltració d'aigua de pluja a la façana nord del temple, completar les obres de pavimentació i enllumenat o alçar a nivell de terra una de les tombes interiors.
El monestir del futur
Antoni Baulida creu que per posar en valor la importància del monestir cal definir quins usos tindrà i donar a conèixer aquest patrimoni. Per això, insta les diferents entitats que formen part del dia a dia del monestir de Cruïlles a posar-se d'acord per permetre que tots els catalans puguin conèixer aquesta joia del romànic de les comarques gironines.
