L'executiu balear, presidit pel popular Jaume Matas, va ser la darrera de les cinc comunitats autònomes en presentar el recurs d'inconstitucionalitat contra l'Estatut de Catalunya, de fet va esperar l'últim dia que hi havia per fer-ho, en concret el 20 d'octubre de 2006. El va presentar contra la disposició addicional tretzena, relativa a l'Arxiu de la Corona d'Aragó, i ho feu juntament amb la Generalitat de València i el Govern d'Aragó, presidit pel socialista Marcel·lí Iglesias.
El Tribunal Constitucional ha avalat la constitucionalitat d'aquest punt que fa referència a l'Arxiu de la Corona d'Aragó. El govern balear, encapçalat el 2006, pel president Jaume Matas, va presentar el recurs argumentant que l'Arxiu de la Corona d'Aragó no és patrimoni exclusiu de Catalunya.
De fet, el mateix Matas considerava que era un article inconstitucional de l'Estatut perquè s'apropiava 'indegudament' de l'Arxiu de la Corona d'Aragó. En concret, el govern balear considerava que es tractava d'un article que suposava l'apropiació indeguda d'un fons documental que afectava a diverses comunitats, entre aquestes les Illes Balears, i es referia en especial a una sèrie únicament referida a aquest arxipèlag, la Majoricarum.
El govern aragonés, per la seva banda, va presentar el recurs d'inconstitucionalitat perquè no estava d'acord amb la disposició del text que integra gran part de l'Arxiu de la Corona d'Aragó en el sistema d'arxius de Catalunya. Cal recordar que la disposició addicional tretzena diu textualment: 'Els fons propis de Catalunya situats a l'Arxiu de la Corona d'Aragó i a l'Arxiu Reial de Barcelona s'integren en el sistema d'arxius de Catalunya'.
El govern d'Aragó, a més, va presentar el recurs al considerar que l'Arxiu de la Corona d'Aragó és un ens indivisible que ha de ser gestionat per les quatre comunitats implicades (com són Aragó, Illes Balears, Comunitat Valenciana i Catalunya) i el govern central. El govern valencià, per la seva banda, va presentar el recurs perquè considerava que es propiciava l'escissió de la necessària unitat i integritat de l'Arxiu.
L'article, que es manté constitucional, continua així: 'Per a la gestió eficaç de la resta de fons comuns amb altres territoris de la Corona d'Aragó, la Generalitat ha de col·laborar amb el Patronat de l'Arxiu de la Corona d'Aragó, amb les altres comunitats autònomes que hi tenen fons compartits i amb l'Estat per mitjà dels mecanismes que s'estableixin de mutu acord'.
El govern balear i el govern aragonès decidiren emprendre aquest tràmit contra l'Estatut de Catalunya, que ha quedat sentenciat després de gairebé quatre anys de deliberacions, a l'entendre que el text català trepitjava les competències de la disposició addicional primera de l'Estatut aragonès i el balear, respectivament.
El Constitucional rebutja el recurs dels governs Valencià, Balear i Aragonès
No volien que l'Arxiu de la Corona d'Aragó i l'Arxiu Reial de Barcelona s'integressin al sistema d'arxius català
